Bangsal Rawat Inap
Arafah (HCU)
Unit perawatan Arofah merupakan ruang perawatan dewasa yang terdiri dari 2 Pelayanan yaitu Ruang Arofah High Care Unit dan Ruang Arofah Perawatan Dewasa
Sakinah & Zam-zam
Sakinah Zam-Zam terdiri dari Poli Kebidanan, Kamar Bersalin, dan Ruang Nifas. Di Poli Kebidanan terdapat 3 dokter obsgyn perempuan dan 1 dokter obsgyn konsultan (onkologi).
Bir Ali (ICU)
merupakan salah satu ruang Intensive di RS PKU Muhammadiyah Yogyakarta. Ruang ini merupakan ruang Peraawatan Intensif dewasa dengan kasus Surgikal.
Bangsal Ibnu Shina
Bangsal perawatan Ibnu Sina merupakan ruang perawatan khusus pasien anak dengan rentang usia 1 bulan sampai dengan 18 tahun.
Bangsal Marwah
Ruang rawat inap yang mencukupi kebutuhan perawatan pasien laki-laki dan Perempuan dengan mengutamakan Prinsip Syariah.
An Ni'mah (NICU/PICU)
Ruang An Ni’mah merupakan ruangan yang terdiri atas ruang NICU dan PICU. Ruang NICU (neo natal intesive care unit) adalah ruang perawatan intensif untuk bayi baru lahir usia 0 – 28 hari. Adapun ruang PICU (pediatric Intensive care unit) adalah ruang perawatan intensif untuk anak-anak usia 29 hari – 18 tahun.
Tan'im (ICCU)
Merupakan pelayanan rawat inap di rumah sakit yang memberikan perawatan khusus pada pasien yang memerlukan perawatan intensif akibat mengalami gangguan jantung dan pembuluh darah serta perawatan intensif non bedah dengan didukung tenaga terlatih serta didukung dengan kelengkapan peralatan khusus.
Bangsal Raudhah
Ruang Raudhah adalah ruang rawat inap Dewasa Medikal Bedah dengan layanan pasien kelas 2 ada 11 bed, 19 bed kelas 3 putra, dan 2 bed ruang isolasi airbone.
Multazam (ICU)
ICU Multazam merupakan salah satu ruang Intensive di RS PKU Muhammadiyah Yogyakarta. Ruang ini merupakan ruang rawat Intensif dewasa dengan kasus Medikal. Ruang lingkup pelayanannya meliputi dukungan fungsi organ-organ vital seperti pernapasan, kardiosirkulasi, susunan saraf pusat, ginjal dan lain-lainnya.
Shafa
Ruang Shofa merupakan ruang rawat inap untuk pasien putra dan putri yang membutuhkan pelayanan perawatan, pengobatan dan rehabilitasi oleh tenaga kesehatan profesional